Olá Dayse, tudo bem?
O mais recomendado é concluir toda a regularização do MEI, incluindo o parcelamento dos débitos e o desenquadramento, antes de solicitar a baixa da empresa na Jucerja. Isso evita problemas futuros com pendências fiscais ou cobranças administrativas.
Para entender melhor todo o processo, recomendo assistir à nossa aula sobre MEI desenquadrado e baixa de empresa, que explica passo a passo como proceder nessas situações.
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121630-lives-legalizacao-de-empresas/2921903-como-legalizar-uma-empresa-desenquadrada-do-simei
Espero ter ajudado.