Olá Jéssica
Ambos os processos podem ser feitos ao mesmo tempo.
De entrada na alteração Contratual de Desenquadramento, e defina qual regime tributário essa empresa irá seguir.
Após isso, veja quais são as pendências, enviei as declarações e solicite parcelamento.
Se a empresa segue em funcionamento, precisa optar pelo Lucro Presumido ou Lucro Real.
Espero ter ajudado.