Olá Rafael
Nesse caso, existe duas alternativas:
1. É baixar essa empresa, como foi Desenquadradada o processo de baixa é semelhante as demais empresas, através de DBE e Requerimento na Junta Comercial do Estado.
Ou
2. Realizar a alteração Contratual dessa empresa como ME. Empresas desse porte precisa de contabilidade regular, e por isso vai precisar de um sistema contábil para prestação dos serviços.
Lembrando que enquanto a empresa estiver aberta, não se pode solicitar outro CNPJ MEI.
Espero ter ajudado.