Olá Cláudia
Após Desenquadramento a empresa teve Faturamento?
Para regularizar, precisa enviar as declarações pendentes, caso tenha faturamento, lançar mês a mês e realizar as devidas apurações de Imposto, pelo regime tributário Lucro Presumido ou Lucro Real.
Após o envio das obrigações acessórias, apuração dos impostos mês a mês de Faturamento, se consegue solicitar o parcelamento dos débitos.
Com CNPj regularizado, solicite a baixa da empresa.
Espero ter ajudado.