Olá Aline
REGULARIZE é o portal da PGFN/Dívida Ativa da União, ou seja, trata basicamente de débitos federais (Simples Nacional/PGFN).
Prefeituras têm sistemas próprios para dívida ativa municipal (ISS, taxas, IPTU, etc.). Parcelamento no REGULARIZE não quita automaticamente uma inscrição na dívida ativa municipal, são administrações distintas e normalmente é necessário parcelar/regularizar também no portal da prefeitura.
Além disso, mesmo quando o parcelamento foi feito no REGULARIZE, pode haver atraso de sincronização ou necessidade de pagamento da primeira parcela para que o status mude e, em caso de protesto, há procedimentos específicos (ex.: aguardar 5 dias e solicitar baixa no cartório).
Espero ter ajudado.