Olá Jéssica
Como ela não quer somar as duas rendas como MEI, a outra alternativa é continuar como Autônoma e recolher os Tributos nessa modalidade (IRPF se esse rendimento ultrapassar a isenção) ou Transformar a Empresa MEI em ME e abrir um outro CNPJ, mas nesse caso acredito que não seja viável pelo custo. Por isso, continuar desse jeito é a opção no momento, uma vez que a mesma não quer somar essas renda como MEI.
Oriente que pode ser mais viável tributariamente, e com a devida organização, ela ainda saberá quais valores cada atividade gera.
Espero ter ajudado.