Olá Gustavo, tudo bem?
Sim, entendo que seria um “aluguel” da clínica. Neste caso, uma sublocação do espaço. Primeiro, você precisa consultar se essa atividade é permitida pelo MEI.
https://www.gov.br/empresas-e-negocios/pt-br/empreendedor/quero-ser-mei/atividades-permitidas
Se não for, o seu cliente não poderia continuar como MEI.
Espero ter ajudado!