Olá Katlen, tudo bem?
Depende da junta comercial. Hoje, quase todas você consegue fazer o processo online.
Verifique no site da própria junta comercial se tem essa possibilidade e geralmente eles também disponibilizam o passo a passo.
Mas acredito que essa aula abaixo também possa te auxiliar:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/110142-mentoria-pratica-contabil/3384234-mentoria-08-02-quinta-as-19h30-como-fazer-a-transformacao-de-mei-para-me-encerra
Espero ter ajudado!