Olá Ariane, boa noite.
Após a entrega das declarações em atraso, o prazo para que o CNPJ do MEI volte a ficar ativo é de até 24 horas. Se você já enviou as declarações e ainda não consegue atualizar as informações, pode ser necessário aguardar esse período para que o sistema da Receita Federal processe as alterações e reative o status do MEI.
Para atualizar as informações do MEI, você deve acessar o Portal do Empreendedor e realizar as alterações desejadas. É importante ter em mãos os dados da sua conta gov.br, que deve estar no nível Prata ou Ouro para brasileiros, ou Bronze para estrangeiros.
Se após 24 horas o problema persistir, recomendo entrar em contato com a Receita Federal ou o Sebrae para obter assistência direta, pois pode haver alguma pendência específica ou problema técnico que esteja impedindo a atualização dos dados.
Espero ter ajudado!