Olá Katlen
As guias em aberto só vai constar quando forem apuradas. Como ele nunca pagou, provavelmente nunca apurou, e ou seja, emitiu a guia para pagamento.
Primeiro passo é apurar as guias e após isso enviar as declarações anuais pendentes. Após isso, CNPJ vai estar ativo novamente.
Os débitos, você pode solicitar parcelamento.
Se passou o limite, precisa saber se passou mais de 20%, pois se sim, terá que desenquadrar retroativamente para Janeiro do ano calendário.
Espero ter ajudado.