Olá! Bom dia Mariana.
E emissão de notas não tem ligação com a contabilidade.
No caso, seu cliente vai ter o sistema dele para emitir notas, e no final do mês vai lhe enviar os arquivos para lançamento no seu sistema contábil.
No seu sistema contábil você vai ter o fiscal onde fará os lançamentos de compra e venda de mercadorias, lançamento e baixa de pagamentos e recebimento, vai ter o DP para folha e vai ter o modulo contábil onde fará os livros.
Espero ter ajudado.