Olá Lusiane
Nesse caso, a empresa até ultrapassou o limite, mas basicamente a Receita Federal e Estadual não tem essa informação, pois parte da Receita está em conta de terceiros.
Se realmente não passou o valor na Conta da PF e da PJ desse MEI, teoricamente não ultrapassou o limite. Lembrando que Notas de Entrada também é fator de Desenquadramento.
Espero ter ajudado.