Olá Ariane, tudo bem?
Se o seu cliente possuiu renda do MEI pelo período em que estava com o CNPJ ativo em 2023 e você informou essa renda na sua declaração anual do MEI (que neste caso foi a de extição quando realizou a baixa em 2023), sim, você precisará informar essa renda do MEI na declaração de IRPF além da renda dele como CLT.
Temos algumas aulas que explicam como fazer a declaração do MEI:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3219086-rendimento-isentos-e-tributaveis
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3219090-preenchimento-da-dirpf
Neste caso para fins de cálculo de imposto de renda dentro do programa de IRPF, será somada as duas rendas do seu cliente.
CLT + MEI. E possa ser que dê imposto a pagar.
Espero ter ajudado!