Bom dia, Ester
Essa é uma situação bastante comum na prática, mas que precisa ser tratada com cuidado para evitar complicações futuras com o fisco municipal e com a Receita Federal.
Quando a transformação de MEI para ME é aprovada na Junta Comercial, a empresa passa a existir juridicamente como ME a partir daquele momento, independentemente de ter alvará de funcionamento ou inscrição municipal ativa. Isso significa que, do ponto de vista legal e fiscal, ela já está constituída e sujeita às obrigações decorrentes dessa condição.
O problema de deixar a empresa "parada" sem concluir o processo de licenciamento é que a CLI parcial que foi emitida fica em aberto no REDESIM. Dependendo do município, isso pode gerar inconsistências no cadastro e até dificultar processos futuros, como o próprio pedido de reenquadramento no MEI em janeiro. Alguns municípios também cobram taxas de funcionamento proporcionais ao ano, mesmo que o alvará não tenha sido concluído, simplesmente porque a empresa existe no cadastro da Junta.
O caminho mais seguro, portanto, é concluir o processo no REDESIM, mesmo que seja para registrar a empresa como inativa ou sem movimento. Isso dá regularidade ao cadastro e evita que a CLI parcial gere pendências. Com a inscrição municipal ativa, ainda que sem atividade, o contador consegue cumprir as obrigações acessórias de forma organizada, entregando as declarações sem movimento exigidas pelo regime, que no caso de ME no Simples Nacional inclui a DEFIS e as competências mensais sem faturamento.
Quanto ao retorno ao MEI em janeiro, o raciocínio que você já passou à cliente está correto. O reenquadramento como MEI só pode ocorrer no início do ano-calendário seguinte, e para isso a empresa precisa estar com o CNPJ em situação regular, sem pendências cadastrais ou fiscais. Ter a CLI parcial em aberto pode ser um impedimento nesse momento, o que reforça ainda mais a necessidade de concluir o processo agora.
Em resumo, o ideal é resolver a pendência no REDESIM, manter a empresa ativa sem movimento com as obrigações entregues em dia, e aí sim solicitar o retorno ao MEI no início do próximo ano com tudo em ordem.