Olá Francineia
Com a mudança nas normas, passa a ser obrigatória a inclusão do Código de Regime Tributário (CRT) 4, criado exclusivamente para a categoria, por MEIs em suas notas fiscais.
Os códigos de regime tributário (CRT) servem para indicar que tipo de empresa está emitindo a nota fiscal, para que a Receita Federal e as Secretarias de Fazenda consigam avaliar a tributação aplicável a cada uma delas, explica Charles Gularte. Fonte CRCMG
Apesar de não mencionar a NFAe, entende se que ela está sujeita a nova obrigatoriedade, pois o CRT é um código de identificação específica para o MEI, assim saberá que a Nota emitida é de uma empresa MEI.
Espero ter ajudado.