Olá Jennifer
Sim, a unidade de medida pode, sim, ser um dos fatores que causa o indeferimento da NF-e. Nesse caso, como mudou para "UN" (unidade), que é mais genérica, o sistema aceitou. Isso mostra que a rejeição provavelmente estava ligada à unidade de medida incompatível com a NCM usada para balas ou própolis.
Espero ter ajudado.