Olá Karina
Seu pensamento está correto.
O que for faturamento da atividade Rural você informa no Livro caixa e do MEI realiza a escrituração. E ambas as informações irá para o Imposto de renda desde cliente.
Segue link dos cursos que irá te auxiliar nesse processo:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-novo-curso-pratico-de-mei-2024
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/125267-como-atender-produtores-rurais
Espero ter ajudado.