Olá Joadson, tudo bem?
Você tentou solicitar restituição ao invés de compensação?
No caso de DAS pagos em duplicidade pelo MEI, normalmente o procedimento correto é solicitar a restituição do valor.
No próprio site da receita federal, na aba do MEI tem essa orientação:

Verifica se assim dar certo. Caso não consiga também, orientaria entrar em contato diretamente com a receita federal através do fale conosco.
Espero ter ajudado!
