Bom dia, Juliana,
Esse tipo de situação é mais comum do que parece e requer um pouco de paciência, mas tem solução.
Quando o CNPJ do MEI está baixado, o sistema da Receita Federal realmente bloqueia algumas opções de restituição vinculadas ao CNPJ, incluindo conta bancária da empresa e, em muitos casos, o próprio PIX CNPJ. O caminho correto nessa situação é solicitar a restituição pelo CPF do titular, que é exatamente o que você já tentou, mas vamos entender por que pode estar travando.
O PIX CPF na restituição do Simples Nacional ou do parcelamento do MEI só fica disponível para seleção quando o sistema consegue vincular corretamente o CPF do empresário ao processo. Se o CNPJ já está baixado e houve pagamento em duplicidade, o pedido precisa ser formalizado diretamente na Receita Federal, por meio de processo administrativo, porque o sistema online do e-CAC pode não permitir a conclusão do pedido de forma automática nesses casos.
O procedimento mais indicado é protocolar um Pedido de Restituição, Ressarcimento ou Reembolso por meio do formulário PER/DCOMP Web, disponível no e-CAC com login pelo CPF do titular. Nesse formulário, é possível informar que o pagamento foi feito em duplicidade, indicar o número do DARF ou do documento de arrecadação do Simples, e solicitar a restituição em conta bancária vinculada ao CPF, já que o CNPJ está baixado.
Se o sistema não aceitar a transmissão de forma eletrônica por conta da situação do CNPJ, o contribuinte pode comparecer presencialmente a uma unidade da Receita Federal com a documentação que comprove o pagamento duplicado, a baixa do CNPJ e um documento de identificação. Nesse caso, o atendimento é agendado pelo portal gov.br e o processo segue via abertura de dossiê digital de atendimento.
Vale também verificar no e-CAC, pelo CPF, se há algum saldo a restituir já identificado no extrato de pagamentos do parcelamento, o que pode facilitar a instrução do pedido administrativo.
Se tiver dificuldade no PER/DCOMP Web por conta do CNPJ baixado, o caminho do atendimento presencial com abertura de processo tende a ser o mais efetivo nessa situação.