Bom dia, Luiz,
Boa pergunta, e fique tranquilo porque essa é uma situação bastante comum, especialmente com despesas médicas.
Sobre o que fazer agora
Você não precisa esperar a notificação formal da Receita para agir. Assim que identificou as pendências no extrato da declaração, já pode tomar providências. A recomendação é que você retifique a declaração antes de receber qualquer intimação oficial, pois isso demonstra boa-fé e evita maiores complicações.
Mas atenção: antes de sair retificando ou excluindo despesas, é fundamental entender o motivo exato da pendência. No extrato, a Receita costuma indicar quais despesas geraram inconsistência, geralmente por falta de cruzamento de informações entre o que você declarou e o que os prestadores de serviço informaram à Receita Federal.
Sobre manter ou retirar as despesas
Se o cliente tem os recibos e as despesas realmente ocorreram, o ideal é mantê-las. Despesas médicas são dedutíveis sem limite na declaração completa, e retirar gastos legítimos só para evitar a malha fina significa pagar mais imposto sem necessidade.
O que você precisa verificar é se os recibos estão em ordem. Eles precisam conter nome completo e CPF ou CNPJ do prestador de serviço, a data do atendimento, o valor pago e a assinatura do profissional ou carimbo da clínica. Recibos sem CNPJ ou CPF do prestador são os que mais geram problemas, pois a Receita não consegue cruzar as informações.
O processo de regularização
Se os documentos estiverem corretos, você pode apresentar os comprovantes diretamente pelo e-CAC, na opção de "Atender Pendências". Não precisa aguardar notificação por carta. Quanto antes resolver, melhor.
Caso identifique que algum recibo está irregular ou incompleto, aí sim pode valer a pena retificar a declaração retirando aquela despesa específica, para não correr o risco de uma autuação com multa.
Em resumo
Acesse o e-CAC agora, veja exatamente quais despesas estão sendo questionadas, confira os recibos do cliente, e apresente a documentação se estiver tudo certo. Só retire uma despesa se o comprovante não tiver como ser validado.