Olá Edicleia, tudo bem?
Neste caso a sua cliente não teve o MEI baixado por ter a sua carteira assinada. Isso não ocorre quando é assinado a carteira.
Para que seja efetuado a baixa do MEI, é necessário que a pessoa realize a baixa.
Mas neste caso em específico, o que ocorreu foi um desenquadramento do MEI. Geralmente isso ocorre por débitos em aberto e pendência no envio de declarações.
Mas, explicando de modo geral, a sua cliente precisará então realizar a o processo de desenquadramento desse MEI para ME (provalmente lucro presumido, uma vez que também foi excluída do Simples Nacional), enviar as declarações que ficarão pendentes por agora ela ser uma ME e posteriormente, realizar o processo de baixa da empresa.
Espero ter ajudado!