Olá Adriana, tudo bem?
É possível que você realize a baixa sim. Deixarei abaixo o link da aula onde a professora explica sobre o processo de baixa do MEI:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3219048-baixa-do-mei
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/138359-curso-pratico-de-mei-2024/3219051-declaracao-de-extincao
Após a baixa, é possível gerar o certificado de baixa.
Espero ter ajudado!