Olá Leandro, tudo bem?
Não tem problema, uma vez que o MEI não é obrigado a ter conta PJ.
Porém, oriente seu cliente a fazer um controle rigoroso dos valores recebidos em sua conta para poder fazer a declaração anual do MEI com os valores corretos.
E é importante ressaltar que devido a essa não obrigatoriedade da conta PJ, a receita federal pode considerar todo e qualquer valor recebido da nota PF como faturamento do MEI. Então, também é importante não ficar recebendo outros valores nas contas bancárias que não sejam da atividade do MEI.
Espero ter ajudado!