Bom dia Carolaine, tudo bem?
Você precisa alertar seus clientes sobre o que vai somar no faturamento (PJ e PF), caso eles tenham vínculo CLT, é importante lembrar que esse valor não conta como faturamento do MEI.
Se eles quiserem algo mais personalizado e que você faça esse acompanhamento do que entra na PF também, você vai precisar reajustar o valor cobrado. Pois você terá muito mais trabalho.
E acompanhar para orientá-los para desenquadrar no momento certo, sem multas e prejuízos financeiros.
Espero ter ajudado.