Olá Charlles, tudo bem?
O MEI tem carência de 12 meses para benefícios, contando com o chamado período de graça do INSS, esse período é contado após o primeiro mês sem o devido pagamento da contribuição ao INSS. Como seu cunhado está há mais de um ano sem contribuir, provavelmente perdeu a qualidade de segurado. Isso significa que ele não teria direito ao auxílio-doença pelo INSS pelo acidente ocorrido enquanto estava inadimplente. Regularizar as guias agora ajuda a voltar a contribuir e garantir futuros benefícios, mas não garante o pagamento retroativo pelo acidente já ocorrido.
Espero ter ajudado.