Olá Josilene, boa tarde.
Na situação descrita, o contador pode atuar em nome da pessoa jurídica mediante procuração eletrônica da Receita Federal. Por meio dessa procuração, ele poderá utilizar seu próprio certificado digital para realizar o envio da DCTFWEB e regularizar a situação da empresa.
Para obter a procuração eletrônica, é necessário que o responsável pelo CNPJ autorize o contador a agir em seu nome perante a Receita Federal. Isso pode ser feito por meio do sistema e-CAC (Centro Virtual de Atendimento ao Contribuinte) da Receita Federal, onde é possível gerar a procuração eletrônica com as devidas permissões.
Com a procuração em mãos, o contador poderá utilizar seu próprio certificado digital para acessar o sistema e transmitir a DCTFWEB em nome da empresa, facilitando assim o processo de regularização.
Espero ter ajudado!