Boa tarde, Bianca,
Boa tarde! Que bom que você conseguiu fazer a baixa pelo VRE Digital, é realmente o caminho certo para São Paulo.
Para a baixa do alvará especificamente, o processo em SP Capital é feito pelo sistema SP156 ou diretamente pelo portal da Prefeitura de São Paulo. Veja o passo a passo:
Acesse o portal http://www.prefeitura.sp.gov.br e entre na área de serviços para empresas. Lá você vai encontrar a opção de encerramento de atividades ou baixa de alvará. Em alguns casos, após a baixa realizada no VRE Digital, a prefeitura de SP processa a baixa do alvará automaticamente, vinculando ao CNPJ que foi encerrado, sem que o contribuinte precise fazer uma solicitação separada.
Uma alternativa muito eficiente é abrir um chamado diretamente pelo SP156, que é o canal oficial de atendimento da Prefeitura de São Paulo. Você pode acessar pelo site http://sp156.prefeitura.sp.gov.br ou pelo aplicativo SP156. Nesse canal, você consegue protocolar formalmente a solicitação de baixa do alvará e acompanhar o andamento pelo número de protocolo gerado.
Caso prefira resolver por telefone, o número do SP156 é o 156, funcionando de segunda a sexta em horário comercial.
Uma dica importante: como você é do RJ e a empresa é em SP, todo esse processo pode ser feito remotamente mesmo, sem precisar se deslocar. O SP156 é bastante resolutivo para esse tipo de solicitação e costuma direcionar para o setor correto mesmo quando o chat não consegue indicar o caminho.