Bom dia, Luan,
Essa é uma dúvida bem pertinente, e a resposta direta é: não é possível transformar uma empresa limitada em associação sem fins lucrativos mantendo o mesmo CNPJ.
A razão é que são dois tipos jurídicos completamente diferentes. Uma sociedade limitada é regida pelo Código Civil como uma pessoa jurídica de direito privado com fins lucrativos, enquanto uma associação é constituída por pessoas que se reúnem para fins não econômicos, sem qualquer distribuição de resultados entre os associados. O Registro Público de Empresas (Junta Comercial) cuida das sociedades empresariais, ao passo que as associações são registradas em Cartório de Registro Civil das Pessoas Jurídicas. São registros distintos, com naturezas jurídicas distintas.
Por isso, o CNPJ não pode ser aproveitado. O número do CNPJ está vinculado à natureza jurídica e ao tipo de registro da entidade. Ao abrir uma associação, ela receberá um CNPJ novo, independentemente de qualquer empresa que já exista.
O caminho correto seria encerrar a empresa limitada de forma regular, baixando o CNPJ junto à Receita Federal, à Junta Comercial e nos demais órgãos (prefeitura, estado, etc.), e depois constituir a associação do zero, com elaboração de estatuto social, ata de fundação, registro em cartório e obtenção de novo CNPJ.
Sobre a intenção de preservar o "tempo de atividade" do CNPJ, vale entender qual é o objetivo por trás disso. Se a ideia é manter histórico bancário, cadastral ou atender a algum requisito de tempo de abertura para fins de crédito ou licitação, infelizmente esse histórico não se transfere de uma entidade para outra, já que são pessoas jurídicas diferentes. Se houver algum outro motivo específico por trás dessa necessidade, vale detalhar para verificar se existe alguma alternativa viável.
