Olá Tainá, boa noite.
Você pode tentar fazer um DBE, informando, no preenchimento, que o ato alterador já foi registrado na Junta Comercial. Depois, encaminha à RFB, com cópia do ato registrado, via e-processo. Ou você pode contatar direto a RFB pelo fale conosco e informar a questão.
Espero ter ajudado