Olá Juliana
Devido ao tempo sem atualização no CNPJ da associação, será necessário fazer uma ATA DE ATUALIZAÇÃO da diretoria e da vida ativa da entidade antes de solicitar a alteração de natureza jurídica. Caso contrário, o cartório poderá indeferir o pedido por ausência de representatividade legal atualizada.
Primeiro atualize a Associação - 1 Processo
Depois com a entidade atualizada, registra-se o novo Estatuto com a natureza jurídica como "organização religiosa":
O CNPJ deverá ser mantido, mas será necessário fazer a alteração da natureza jurídica na Receita Federal (via Coletor Nacional), alterando de “399-9 – Associação Privada” para “306-9 – Organização Religiosa .
Espero ter ajudado.