Olá Rafael, tudo bem?
Também recomendo que você procure diretamente a prefeitura.
Já passei por algumas situações parecidas em outras cidades: no site da Junta Comercial havia essa etapa e nada mudava, mas quando entrei em contato com a prefeitura, eles informaram que o processo por lá (junta) era mais demorado. Devido aos poucos servidores para analisar os processos que era da junta e os que vinha direto para a prefeitura. Nessa ocasião, a própria prefeitura me passou um passo a passo para dar continuidade direto pelo site deles e consegui resolver tudo em cerca de uma semana.
Por isso, acredito que, se você seguir o processo direto com a prefeitura e os órgãos responsáveis (como a Vigilância Sanitária, se for o caso), terá um retorno mais rápido.
Espero ter ajudado!