Olá Vitória
Na Junta Comercial de Santa Catarina, tanto a alteração contratual para inclusão de novas atividades econômicas (CNAEs) quanto a constituição de filial podem ser feitas no mesmo instrumento contratual, desde que todos os atos estejam claramente descritos e que o documento atenda às exigências da Junta Comercial para ambos os eventos.
Espero ter ajudado.