Você tem que tirar um relatório junto a receita federal pra ver as pendencias, só assim você conseguir saber quais as regularizações a serem feitas,após regulariza esta pendencias o CNPJ volta a ficar "ativo", depois faz o processoda baixa.
Para poder ver as pendencias pode ser pelo certificado digital da empresa, se não tiver faz uma procuração (padrão da receita federal) para o seu e-CPF que consegue emitir o relatório das pendencias, ou pede para o seu cliente o acesso do GOV.BR pra entrar no site do E-ECAC, e quando você chegar no site do e-cac altera o perfil para o CNPJ.