Bom dia, Mayara! Tudo bem?
Neste caso, somente com certificado digital do CNPJ mesmo.
Empresas do Simples Nacional, é até possível entrar com a senha GOV e mudar o perfil para o CNPJ, mas neste caso como não é do Simples, vai precisar do certificado.
Você pode verificar com as certificadoras, se faz a emissão daquele certificado de 3 meses, que costuma ser mais acessível o valor, apenas para você fazer essa regularização da empresa.
Espero ter ajudado!