Olá Jéssica, tudo bem?
Acredito que não houve a comunicação entre os sistemas.
Particularmente, aconteceu uma situação parecida comigo e no caso, na junta comercial do ES, o CNPJ ainda estava cadastrado como MEI.
Entrei em contato com a junta comercial para eles fazem um alteração no cadastro do CNPJ e então deu certo.
Tenta um contato com a junta comercial através do fale conosco.
Espero ter ajudado!

