Olá Iza, tudo bem?
A baixa do CNPJ MEI gera a baixa das inscrições nas administrações tributárias estadual e municipal e o cancelamento das licenças e dos alvarás concedidos e demais inscrições.
Fonte: https://www.gov.br/pt-br/servicos/portal-do-empreendedor-quero-deixar-de-ser-mei
Sugiro entrar em contato com a prefeitura local apenas para confirmar as informações sobre o seu cliente em específico.
Espero ter ajudado!