Olá Tainá, tudo bem?
Não precisa trocar ou renovar o certificado digital se ele for do CNPJ da empresa (e-CNPJ), pois o número do CNPJ permanece o mesmo após o desenquadramento do MEI para ME. O que muda é apenas o regime tributário, não a estrutura jurídica da empresa.
Sobre o e-Social: quando uma empresa é MEI, o sistema a direciona automaticamente para o módulo simplificado. Após o desenquadramento, é comum o sistema continuar acessando esse módulo, mesmo a empresa já sendo ME. Você já tentou trocar o módulo dentro do próprio e-Social? No canto superior direito da tela, geralmente aparece a opção para selecionar o perfil de acesso. Altere para o perfil geral (não o simplificado) para conseguir enviar os eventos corretamente, inclusive o fechamento da folha e a DCTFWeb.
Se mesmo assim o sistema continuar no modo simplificado, pode ser necessário atualizar o cadastro da empresa no e-Social para refletir a nova situação (ME fora do SIMEI), ou aguardar a atualização automática do sistema, que às vezes pode demorar alguns dias após a alteração oficial na Receita.
Espero ter ajudado.
