Olá Vicente, tudo bem?
Você pode emitir um relatório fiscal diretamente no portal e-CAC.
Para acessá-lo, será necessário um certificado digital ou uma conta gov.br do seu cliente, caso não tenha procuração para representar o CNPJ.
Ao identificar as declarações pendentes, será preciso transmiti-las para regularizar a situação da empresa.
Se a empresa estiver inativa, em muitos casos, o envio da DCTF já regulariza as demais pendências. No entanto, você precisa analisar a situação específica do seu cliente para confirmar quais obrigações precisam ser entregues.

Espero ter ajudado!