Sobre o processo de legalização de empresas (alteração), deverá ser feito pelo contador responsável junto a Junta Comercial do estado onde a empresa se encontra.
Sobre a assinatura (certificado digital ou senha gov.br) vai depender da junta comercial, pois algumas exigem o certificado digital e outras não. Então recomendo que verifique essa informação no estado onde será feita a alteração.
Sobre o imposto ITCD, vai depender do estado. Nesse caso recomendo que verifique a legislação do estado correspondente. Para complementar seu entendimento, vou deixar abaixo o link do curso que trata sobre esse assunto.
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/69684-itcmd-imposto-sobre-transmissao-causa-mortis-e-doacao
Espero ter ajudado!