Declarações omissas e Baixa de empresa.

Olá Stefany, tudo bem?

O indicado é regularizar todas as pendências antes da realização da baixa do CNPJ.

Pode acarretar em problemas futuros sim para esse cliente, e as pendências como multas com correção monetária por exemplo, pelo não envio dessas declarações, vir para o CPF da sua cliente.

Então o procedimento correto é:

1. Regularize as pendências (enviando todas as declarações pendentes, pagando as multas por atraso, parcelando impostos se houver algo em aberto);

2. Realizar a Baixa do CNPJ.

Espero ter ajudado!