Olá Sara
Se ao longo do tempo a empresa precisar alterar seu contrato social, será necessário pagar novamente as taxas da Junta Comercial. No entanto, se várias alterações forem feitas de uma só vez, será cobrada apenas uma taxa. Porém, se as alterações forem realizadas separadamente, haverá uma taxa para cada modificação.
As taxas de alvará, vigilância sanitária e outras são pagas anualmente, independentemente de haver alterações contratuais ou não.
Espero ter ajudado.