Ola Débora
Pode sim fazer sua própria contabilidade.
A questão de trabalhar na PJ ou PF a resposta é Depende.
Depende do seu Faturamento, faça uma simulação como PJ e PF e veja qual a melhor opção.
Ao Abrir o CNPJ de um escritório Contábil se paga duas anuidades, uma do CNPJ e uma do Contador responsável.
Espero ter ajudado.