Olá Wanderleia, boa noite.
Para resolver a situação da empresa inapta devido à omissão de declarações, é importante seguir alguns passos simples:
Primeiramente, é necessário verificar quais declarações ou escriturações estão pendentes. Isso pode ser feito acessando o serviço Certidões e Situação Fiscal - Consulta Pendências - Situação Fiscal no Portal e-CAC.
Em seguida, para regularizar a situação, é preciso entregar todas as declarações ou escriturações omitidas.
Se houver pendências de atualização cadastral, é possível corrigir esses dados enviando o Documento Básico de Entrada (DBE). Mesmo com o CNPJ inapto, é viável solicitar a baixa formal do registro.
Não se esqueça de agir dentro do prazo estabelecido para evitar multas. A Receita Federal oferece um desconto de 50% na multa se o pagamento for feito em até 30 dias.
Espero ter ajudado!