Olá Patricia, tudo bem?
Sim, a inclusão de novos sócios e as demais alterações contratuais geralmente podem ser feitas em um único processo na Junta Comercial, o que resulta em uma única taxa.
Sobre a segunda questão, a inclusão dos sócios na empresa já existente pode ser mais econômica, e mais prática, pois evita a necessidade de abrir nova empresa, reduzir custos com taxas de constituição (porque além da junta comercial, terá toda legalização na prefeitura, alvarás, etc).
Você também pode conferir no site da Junta Comercial do estado e prefeitura em questão, valores de taxas, para verificar o que seria melhor para seu cliente.
Espero ter ajudado!