Estou com um cliente aqui, que tem um deposito e estar querendo abrir filial com mesmo CNPJ, as filias seriam para vender os produtos comprado direto do deposito, qual seria melhor opção de tributação deste caso ?

Olá Gabriel, boa tarde.

Ficou um pouco confuso a sua dúvida, a filial irá vender os produtos da matriz?

A respeito da tributação, deve ser considerada muitos fatores, sugiro o curso de planejamento tributário:
https://alunos.contabilidadefacilitada.com/88371-planejamento-tributario

Espero ter ajudado.