Se a empresa foi excluida do Simples Nacional e do MEI, e agora está inapta, o primeiro passo é acessar o e-CAC e descobrir o que tem pendente.
Neste caso, geralmente são a falta de entrega de declarações como DCTF, ECF, etc.
Se a empresa está sem atividade à anos (o que é bem comum acontecer com essas empresas inaptas), basta fazer a primeira DCTF que está sendo exigida, com a situação de "empresa inativa" (se ela realmente estiver inativa naquele ano calendário). Algumas outras pendencias de declarações não entregues vão sumir automaticamente.
Lembre-se: Cada caso tem que ser analisado individualmente. O que dei aqui foi um exemplo de empresa inativa.
Com o relatório de pendencias gerado pelo e-CAC você vai conseguir tirar todas as dúvidas do que está pendente para ir regularizando.