Bom dia, Izabel!
No DBE você informa o que está sendo alterado na incorporadora, Ex: QSA, Capital Social…
Para a incorporação na Junta Comercial, deve fazer um novo requerimento como Alteração de matriz, evento: incorporação; ato: alteração.
Então, faz um segundo processo para a extinção do cnpj da empresa que foi incorporada.
Você pode tramitar os dois processos em conjunto, informando os protocolos em cada um.
Pelo menos em SC funciona assim, mas vc pode tentar tbm ver o manual de instrução da Junta do seu estado :)