Olá Luana, tudo bem?
Manter um CNPJ ativo, mesmo que temporariamente paralisado, pode impedir o recebimento do seguro-desemprego. O Ministério do Trabalho pode entender que, ao ter uma empresa aberta, a pessoa possui uma possível fonte de renda, o que pode levar ao indeferimento do benefício.
Além disso, mesmo com a paralisação temporária, é necessário continuar entregando as obrigações acessórias, ainda que zeradas.
Por isso, a minha recomendação seria realizar a baixa do CNPJ, caso ela não pretenda usar a empresa novamente tão cedo. Dessa forma, evita-se tanto o risco de indeferimento do seguro quanto pendências fiscais futuras.
Espero ter ajudado!