Olá Fernanda, tudo bem?
Em relação às primeiras dúvidas, as etapas de regularização (online, prazos e documentos) variam conforme cada prefeitura. Nesse caso, é importante confirmar diretamente com a Subprefeitura responsável para entender como proceder nesse caso em específico.
Quanto ao CNAE, caso opte por retirar, será necessário realizar uma nova viabilidade e recolher novamente a taxa da Junta Comercial (geralmente, sim, há cobrança por parte das juntas comerciais).
Espero ter ajudado!
