Olá Regino, boa noite.
Sim, existe uma distinção entre os tipos de empresas que são registradas no Cartório e na Junta Comercial, e isso está relacionado ao tipo de atividade econômica que a empresa exerce, representada pelo CNAE (Classificação Nacional de Atividades Econômicas).
Sociedades Simples, como sociedades de profissionais que exercem atividades intelectuais e de natureza científica, artística ou literária, mesmo que contem com auxílio de colaboradores, devem ser registradas no Cartório de Registro Civil das Pessoas Jurídicas.
Por outro lado, as Sociedades Empresárias, que exercem atividades econômicas organizadas para a produção ou circulação de bens ou de serviços, como comércio, indústria, algumas atividades de serviços e outras, devem ser registradas na Junta Comercial.
Para verificar o código CNAE específico da sua atividade, acesse a tabela de CNAE disponível online.
Espero ter ajudado.